Прошло несколько недель после поражения Вилгакса, и Бен Теннисон вступает в новую главу своей жизни — теперь ему 16, а разрушенный Омнитрикс заменён Ультиматриксом. Этот мощный артефакт открывает доступ ко всем прежним инопланетным формам и даёт возможность эволюционировать их в Совершенные Версии (Ультимейты), делая Бена ещё сильнее. Но с новой силой приходят и новые угрозы: таинственные враги из глубин космоса, старые противники, жаждущие мести, и загадочные секреты самого Ультиматрикса. Во втором сезоне «Бен 10: Инопланетная сверхсила» герою предстоит не только освоить безграничные возможности устройства, но и столкнуться с испытаниями, которые проверят его мужество, дружбу и готовность быть настоящим защитником вселенной.