XXVI век, мир, опустошённый Великой войной три столетия назад. Среди руин доктор Идо обнаруживает останки женщины-киборга с почти полностью разрушенным телом. Восстановив её, он даёт ей имя — Алита. Пробудившись, она не помнит своего прошлого, но с удивлением осознаёт врождённое владение боевыми техниками, словно её создали для сражений. Постепенно Алита начинает раскрывать тайны своего происхождения, сталкиваясь с опасностями мрачного города Железного Неба, где царит жестокость и коррупция. Её поиски правды приводят к столкновению с могущественными силами, готовыми на всё, чтобы скрыть истину. Кем она была? Кто стёр её память? И почему её навыки так ценны? В этом мире киборгов и предательств Алите предстоит не только вспомнить себя, но и решить — за что стоит сражаться.