В мире, где мутанты вынуждены скрываться от общества, их существование снова оказывается под угрозой. После жестокого нападения на президента США вина падает на них, разжигая новую волну ненависти и страха. Правительство требует введения обязательной регистрации мутантов, а за этим стоит Уильям Страйкер — бывший военный, чьи тайные эксперименты над людьми с особыми способностями могут раскрыть самые мрачные секреты Профессора Икс и Магнето. Люди Икс вынуждены объединиться с бывшими врагами, чтобы остановить Страйкера и предотвратить геноцид своего вида. В этой битве им придётся не только сражаться за будущее мутантов, но и столкнуться с предательством среди своих. Фильм полон напряжённых схваток, неожиданных поворотов и глубоких философских вопросов о толерантности и свободе выбора.