После победы над Ханом и создания планеты Генезис капитан Кирк переживает тяжелейшую утрату — гибель Спока, пожертвовавшего собой ради спасения «Энтерпрайза». Но когда отец Спока, Зарек, раскрывает шокирующую тайну — разум вулканца скрыт в сознании доктора Мак-Коя, — Кирк решается на отчаянный шаг. Он угоняет списанный корабль, нарушает карантин и отправляется к Генезису, где его сын Дэвид изучает загадочную планету. Однако время работает против экипажа: Мак-Кой теряет связь с реальностью, а клингонский командир Крюге уже ведет свой корабль к Генезису, жаждая заполучить его разрушительную технологию. Теперь Кирку предстоит не только вернуть друга из небытия, но и столкнуться лицом к лицу с новой смертельной угрозой.